Правильно, что не сняли. Во-первых, за концовку "а потом оказалось, что ему это всё приснилось", сейчас писателей вроде принято поднимать на смех. Это такой "dark and stormy night" концовок.
Во-вторых, сразу, прочитав про способности Нео, я, например, думаю - это типа вторая вложенная матрица, что ли? А ни одному из героев это ни разу в голову не пришло? Несмотря на то, что они наблюдают переход от "обычный пацан снаружи" к "ниндзя с сверх-способностями внутри" чуть ли не ежедневно, но увидев, как это происходит с Нео, никто даже не пытается подумать о том, что это тот же паттерн?
В третьих, сверх-мудрый Архитектор, умеющий предсказывать поведение людей поколениями и манипулировать ими так, что они даже не замечают - и не имеет понятие о предмете, которому эти самые люди посвятили большинство своего творчества и постоянно кичатся им и воспевают его? А он только с седьмого раза понял?
В четвёртых, в чём всё-таки цель этих перезагрузок? На человечество они повлиять не могут, т.к. человечество их не помнит. Машины могут совершенствоваться и без виртуального катаклизма. Если Архитектор предусмотрел шесть перезагрузок - то зачем они ему?